潔淨室分非生物潔淨室與生物潔淨室，生物潔淨室空氣淨化係統一定要保持連續運轉，非生物潔淨室空氣淨化係統可以提前幾個小時開啟。測量室內塵埃粒子用塵埃計數器，把室內環境衛生清潔打掃後等待1個小時進行，防止人為因素產生的汙染。對於微生物含量的控製，控製潔淨室內的微生物主要靠空氣淨化設備係統，它的過濾性能可以達到99%，有效去除塵埃和細菌。潔淨室溫度控製在18到26度，濕度控製在45%到65%，減少細菌的產生。 
   關於消毒液消毒，生產結束後，使用75%乙丙醇擦拭機台，門窗，桌麵。定期對潔淨室所有設施表麵以及頂棚和照明燈進行擦拭消毒，使用適量的來蘇兒對地麵進行消毒，去除生產過程中產生的細菌繁殖，從而控製潔淨室內的微生物含量。這些措施僅能控製潔淨室空氣中的細菌量，如果黴菌較多，使用石碳酸噴灑室內，用甲醛熏蒸達到無菌效果，隻有這樣才能去除細菌和黴菌。等到每個生產周期結束後，下個周期生產前對潔淨室進行消毒液消毒，測量潔淨室內塵埃粒子數量符合要求，然後對潔淨室進行甲醛氣體熏蒸，按長期測量的結果上看，這種下的環境除菌方法效果不錯。甲醛不僅能有效去除黴菌，對環境中的細菌芽孢也能除去，使用甲醛熏蒸時要注意保證室內溫度達到35度以上，濕度控製在65%以上，消毒時間12個小時左右。這裏需要注意的是甲醛置換前用相同比例的氨水進行中和，能有效減少對環境的汙染和對人體的危害。要保證無菌下的環境就要嚴格控製潔淨工作服的穿戴，清洗和除菌，減少工作人員的數量，從而保證潔淨區的淨化等級。